Inštitut sestavlja pet sektorjev: štirje izvajajo raziskovalno in razvojno dejavnost, ki je glavna dejavnost inštituta, Sektor skupnih služb pa zagotavlja podporno dejavnost.
Raziskovalna in razvojna dejavnost
Raziskovalna in razvojna dejavnost
Raziskovalna in razvojna dejavnost · Laboratorij IzVRS
Raziskovalna in razvojna dejavnost
Podporna dejavnost
Center za raziskovalno dejavnost je stalno posvetovalno telo direktorja, ki povezuje delo raziskovalnih in razvojnih sektorjev. Skrbi za pripravo raziskovalnih programov, pripravo načrta znanstvenih izobraževanj, spremljanje raziskovalnih projektov, spodbujanje znanstvenih in strokovno-raziskovalnih objav ter pripravo poročil o znanstveni dejavnosti inštituta.
Inštitut za vode Republike Slovenije (IzVRS) je javni zavod, ki s svojim delovanjem prispeva k raziskovalni in razvojni dejavnosti na področjih naravoslovja in tehnologije. Dejavnosti izvaja skladno z aktom o ustanovitvi in vpisom v sodni register Okrožnega sodišča v Ljubljani.
Inštitut se organizacijsko členi na 4 vsebinske sektorje in sektor splošnih služb. Za izvajanje posameznih projektov ali nalog se oblikujejo projektne skupine; vodjo naloge in sodelavce s sklepom določi direktor ter opredeli njihove obveznosti.