Strokovne podloge za upravljanje voda so se do sredine 70 – tih let prejšnjega stoletja izvajale znotraj Zavoda za vodno gospodarstvo SRS, po ustanovitvi Zveze vodnih skupnosti Slovenije (1975) pa znotraj Strokovnih služb ZVSS.
Ustanovitev Zveze vodnih skupnosti Slovenije (ZVSS) je povezana tudi s preoblikovanjem Splošnih vodnih skupnosti v Vodnogospodarska podjetja in hitro širitvijo vodnogospodarske dejavnosti v Sloveniji. Večala se je potreba in zahteva po inženirsko – projektni dokumentaciji s področja upravljanja voda. Zato se je že leta 1976 pojavila ideja o ustanovitvi posebne organizacije, ki bi bila usposobljena zagotavljati primerne strokovne dokumente, predvsem za urejanje in vzdrževanje voda.
Ustanovitev organizacije posebnega družbenega pomena za pripravo strokovnih podlag, je potekala dvofazno, kar je kasneje odločilno vplivalo na razvoj in delovanje Inštituta za vode Republike Slovenije.
V prvi fazi je prišlo do prehoda študijske skupine, ki je delovala znotraj Strokovnih služb ZVSS na takratni Vodogradbeni laboratorij, ki je kot samostojna organizacija deloval na Hajdrihovi ulici 28 v Ljubljani od leta 1954 dalje. S prehodom študijske skupine se je na Vodogradbeni laboratorij prenesla tudi vsa dejavnost, ki jo je študijska skupina izvajala na ZVSS. Vodogradbenemu laboratoriju se je v letu 1977 priključil tudi Projektivni biro Luke Koper.
Drugo fazo ustanovitve Vodnogospodarskega inštituta (VGI) predstavlja preoblikovanje Vodogradbenega laboratorija v Vodnogospodarski inštitut, osrednjo strokovno vodarsko organizacijo v Sloveniji, ki je bilo zaključeno 1978. Vodnogospodarski inštitut, p.o. je imel status posebne organizacije družbenega pomena in je pogodbeno izvajal naloge za vodnogospodarska podjetja, območne vodne skupnosti, ZVSS, Luko Koper in druge naročnike s področja gospodarstva in negospodarstva.
Z ozirom na pozitivno poslovanje inštituta je bila sprejeta odločitev, da se na zemljišču poleg laboratorijske zgradbe Vodogradbenega laboratorija zgradi nova poslovna stavba v kateri naj bi svoje prostore pridobila študijska skupina in Oddelek za pomorsko inženirstvo.
Nova poslovna zgradba VGI zgrajena s sredstvi inštituta in sredstvi donacije ZVSS brez sredstev, ki bi bremenila takratni proračun Republike Slovenije.
V letu 1990 je bil sprejet nov Zakon o zavodih, ki je na novo opredelil javne zavode v Sloveniji, prav tako pa je sprememba družbenega sistema izpostavila vprašanje lastništva in inštitut je dobil status javnega zavoda.
Kljub temu, da je dobil VGI status javnega zavoda in je postala država njegov lastnik se poslovanje inštituta ni v ničemer spremenilo. Ker je bila država do delovanja inštituta popolnoma pasivna ni zagotavljala nobenih direktnih sredstev za njegovo poslovanje/delovanje ter vzdrževanje poslovne stavbe je prišlo v letu 1995 s soglasjem Vlade RS do preoblikovanja iz javnega zavoda v gospodarsko družbo, ki je delovala do sredine leta 2003. VGI se je v obdobju ko je deloval kot gospodarska družba financiral izključno iz pridobitne dejavnosti.
S sprejetjem novega Zakona o vodah v letu 2002 je bila postavljena nova organiziranost določenih strokovnih nalog upravljanja voda v Sloveniji. Za nosilca strokovnega dogajanja na področju voda je bil postavljen Inštitut za vode Republike Slovenije, za katerega delovanje so bila zakonsko zagotovljena sredstva iz novoustanovljenega Vodnega sklada. Vlada RS je ocenila, da je za ustanovitev Inštituta za vode Republike Slovenije (IzVRS ) najprimernejše preoblikovanje VGI v IzVRS. S tem se je gospodarska družba ponovno preoblikovala v javni zavod, prvič pa so bila z letno pogodbo med resornim ministrstvom za vode (MOP) in inštitutom zagotovljena sredstva za njegovo delovanje.
IZVRS je od leta 2003 posloval z naslednjimi dejavnostmi: